A FPP tem como meta formar mestres e doutores, ainda em planejamento, com visão holística e perfil que, de forma crítica, humanista e reflexiva, sejam competentes para compreender e atuar no processo de ensino na área da Saúde na perspectiva da integralidade, com responsabilidade social e compromisso com a cidadania. Profissionais que, de forma interdisciplinar busquem o aprimoramento e a produção técnica-científica e ética de forma contínua e a compreensão das bases políticas, sociais e técnicas do Sistema de Saúde vigente no país.

O perfil do profissional que o curso de mestrado em Ensino nas Ciências da Saúde almeja está baseado na compreensão das concepções pedagógicas e paradigmas educacionais relacionados à implementação do ensino nas ciências da saúde. Como consequência, espera-se o entendimento das metodologias de ensino e aprendizagem, da avaliação adequada ao contexto e da gestão acadêmica e dos serviços de saúde como fontes de inovação e de produção do conhecimento permeados pelas Diretrizes Curriculares Nacionais, produções científicas nacionais e internacionais, em todas as 14 carreiras da área da Saúde.

O mestrando deverá desenvolver percepção contextualizada do processo educacional de modo a utilizá-lo na execução dos seus projetos de pesquisa, transmiti-los para seus estudantes e/ou aplicá-los em atividades de caráter pragmático, públicas e privadas.

O perfil do profissional que o curso pretende formar abrange as competências para participar, propor e pesquisar a implantação e desenvolvimento das Diretrizes Curriculares Nacionais nas carreiras da área da Saúde, mas inclui também as competências para propor e desenvolver projetos de pesquisa e de outros mecanismos de produção de conhecimento voltados à compreensão do processo de aprendizagem, do raciocínio clínico, da interprofissionalidade e da comunicação adequada. Quer ainda, dar as condições de liderar iniciativas e movimentos voltados ao fortalecimento da área de Ensino das Ciências na Saúde promoverem intervenções no cenário internacional.   

A dissertação de mestrado deve ser uma pesquisa bem desenvolvida do ponto de vista metodológico e com forte base teórica ou aplicada. Ao final do curso, espera-se que o mestrando esteja habilitado para desempenhar funções compatíveis à sua formação acadêmica, elaborar trabalhos científicos para publicações especializadas, e interpretar, avaliar e propor ações para a mitigação de problemas na área do ensino e da saúde.