A FPP tem como meta formar mestres e doutores, ainda em planejamento, com visão holística e perfil que, de forma crítica, humanista e reflexiva, sejam competentes para compreender e atuar no processo de ensino na área da Saúde na perspectiva da integralidade, com responsabilidade social e compromisso com a cidadania. Profissionais que, de forma interdisciplinar busquem o aprimoramento e a produção técnica-científica e ética de forma contínua e a compreensão das bases políticas, sociais e técnicas do Sistema de Saúde vigente no país.

A maior parte dos projetos do Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Aplicada à Saúde da Criança e do Adolescente procura atender uma demanda da pediatria, por meio de projetos focados na etiologia, diagnóstico ou tratamento de doenças, e outros terão foco na biotecnologia, o que justifica ter duas áreas de concentração (pediatria e biotecnologia). Dependendo do background do aluno egresso, ele vai se identificar com as ofertas do setor mais adequado. Desta forma, o perfil do egresso deste Programa terá uma capacitação para atender tanto o campo mercadológico industrial, bem como as necessidades das instituições de Ensino Superior na área de Ensino, Pesquisa e Assistência.